刑事訴訟法中的公訴案件和自訴案件，雖然都是刑事案件，但二者之間是有嚴(yán)格區(qū)別的，主要是： (一)案件來(lái)源不同。公訴案件是由國(guó)家公訴機(jī)關(guān)即人民檢察院提起的；而自訴案件是由被犯罪行為侵害的公民、個(gè)人或者他的法定代理人、監(jiān)護(hù)人、近親屬直接向人民法院提起的。 (二)犯罪性質(zhì)和危害程度不同。公訴案件中犯罪行為的性質(zhì)一般來(lái)說(shuō)比較嚴(yán)重，對(duì)社會(huì)的危害性也比較大，案件一經(jīng)起訴人民法院必須依法進(jìn)行審判，除公訴機(jī)關(guān)認(rèn)為所指控的事實(shí)不清，證據(jù)不足，不能對(duì)被告人定罪和處以刑罰申請(qǐng)撤回起訴，人民法院準(zhǔn)許撤回起訴外，人民法院必須依據(jù)審理中查明的事實(shí)和證據(jù)，依法作出有罪或無(wú)罪判決。而自訴案件犯罪行為的性質(zhì)多數(shù)不甚嚴(yán)重，對(duì)社會(huì)的危害性也比較小，因而，自訴人在判決宣告前可以同被告人自行和解或撤回自訴，對(duì)告訴才處理和有證據(jù)證明的輕微刑事案件，可以進(jìn)行調(diào)解。 (三)審查程序不同。與庭審方式改革相適應(yīng)，現(xiàn)行刑事訴訟法弱化了公訴案件進(jìn)行庭前審查的實(shí)體內(nèi)容，基本上實(shí)行程序性審查，即審查只要符合“起訴書(shū)中有明確的指控犯罪事實(shí)并且附有證據(jù)目錄、證人名單和主要證據(jù)復(fù)印件或照片的”，人民法院就應(yīng)當(dāng)決定開(kāi)庭審判，審查的主體是負(fù)責(zé)該案審理的審判組織成員；而自訴案件則應(yīng)經(jīng)二次審查，第一次是立案前的程序?qū)彶?，審查是否符合立案?biāo)準(zhǔn)，根據(jù)立、審分立的原則，審查的主體應(yīng)是專門(mén)審查立案的人員。第二次審查是開(kāi)庭前的實(shí)體審查，審查是否符合“犯罪事實(shí)清楚，有足夠證據(jù)”這一開(kāi)庭審理的必備條件，符合開(kāi)庭審理?xiàng)l件的應(yīng)轉(zhuǎn)到開(kāi)庭審理程序，不符合開(kāi)庭審理?xiàng)l件的，應(yīng)說(shuō)服自訴人撤回自訴或裁定駁回起訴，審查的主體是負(fù)責(zé)該案審理的審判組織人員。 (四)當(dāng)事人的訴訟權(quán)利不完全相同。如： 1、自訴案件的被告人及其法定代理人在訴訟過(guò)程中有權(quán)提起反訴；而公訴案件的被告人及其法定代理人雖然有權(quán)對(duì)司法人員侵犯其訴訟權(quán)利提出控告，但絕不能就案件事實(shí)本身對(duì)司法人員提出反訴； 2、自訴案件的被害人作為自訴人如果對(duì)地方各級(jí)人民法院第一審判決或裁決不服的，有權(quán)在法定上訴期內(nèi)按照法定程序向上一級(jí)人民法院提出上訴，享有獨(dú)立的上訴權(quán)；而公訴案件的被害人沒(méi)有獨(dú)立的上訴權(quán)，無(wú)權(quán)對(duì)地方各級(jí)人民法院第一審判決或裁定提出上訴，只能自收到判決書(shū)五日以內(nèi)，請(qǐng)求人民檢察院在法定期限內(nèi)按照法定程序提起抗訴。 (五)當(dāng)事人的訴訟地位不同。自訴案件中的被害人是自訴人，居原告地位，而公訴案件中公訴機(jī)關(guān)(人民檢察院)居原告地位，被害人則處于證人地位。 (六)當(dāng)事人行使訴訟權(quán)利的時(shí)間不同。如 1、公訴案件自案件移送審查起訴之日起，犯罪嫌疑人有權(quán)委托辯護(hù)人；而自訴案件的被告人隨時(shí)有權(quán)委托辯護(hù)人； 2、公訴案件的被害人及其法定代理人或者近親屬，附帶民事訴訟的當(dāng)事人及其法定代理人，自案件移送審查起訴之日起，有權(quán)委托訴訟代理人；而自訴案件的自訴人及其法定代理人，附帶民事訴訟的當(dāng)事人及其法定代理人，有權(quán)隨時(shí)委托訴訟代理人。 (七)舉證責(zé)任不同。自訴案件的舉證責(zé)任規(guī)定為完全由自訴人承擔(dān)，對(duì)于缺乏證據(jù)的自訴案件，人民法院有權(quán)限期自訴人補(bǔ)充證據(jù)，如果自訴人提不出補(bǔ)充證據(jù)，人民法院又無(wú)法調(diào)取和收集到必要的證據(jù)，應(yīng)說(shuō)服自訴人撤回訴訟，或者裁定駁回訴訟；而公訴案件的被害人只是就自己遭受犯罪行為直接侵害的事實(shí)和有關(guān)犯罪嫌疑人的情況向司法機(jī)關(guān)如實(shí)進(jìn)行陳述和控告，至于收集和核對(duì)案件事實(shí)和證據(jù)以及查獲犯罪嫌疑人是司法機(jī)關(guān)應(yīng)盡的職責(zé)；被告人也沒(méi)有證明自己有罪和無(wú)罪的責(zé)任，司法機(jī)關(guān)只有依照法定程序收集到確實(shí)充分的證據(jù)，才能對(duì)被告人提起訴訟和處以刑罰，由此可見(jiàn)，公訴案件的舉證責(zé)任完全由公訴機(jī)關(guān)承擔(dān)。 (八)刑罰處罰的輕重不同。自訴案件的刑罰處罰，一般都在三年以下有期徒刑、拘役或管制；而公訴案件的刑罰處罰可達(dá)十年以上有期徒刑、無(wú)期徒刑直至死刑。 (九)案件的可分性特點(diǎn)不同。自訴案件中的一個(gè)犯罪行為侵害了數(shù)個(gè)人的利益，受害人不只一人，而是數(shù)人，在這種情況下，其中任何一個(gè)受害人都有權(quán)單獨(dú)向人民法院提出控訴，沒(méi)有提起控訴的受害人，有權(quán)放棄訴訟。如果是數(shù)人共同對(duì)某一人實(shí)施某一犯罪行為，受害人有權(quán)對(duì)其中的一人或幾人提起控訴，兩種情形不管屬于哪一種情形，受害人的控訴均應(yīng)視為有效，不受限制；但公訴案件的情況恰恰相反，它具有一案不可分的特點(diǎn)，即一個(gè)被告人犯了數(shù)罪，或共同犯罪案件中的所有被告人，都必須一案審理，不能“一罪一審”或“一人一審”。 (十)審理期限的要求不同。根據(jù)刑事訴訟法第一百六十八條的規(guī)定，人民法院審理公訴案件應(yīng)當(dāng)在受理后一個(gè)月內(nèi)宣判，至遲不得超過(guò)一個(gè)半月。重大的犯罪集團(tuán)案件、流竄作案的重大復(fù)雜案件及交通十分不便的邊遠(yuǎn)地區(qū)的重大復(fù)雜案件等，在上述期限內(nèi)不能辦結(jié)的，經(jīng)省、直轄市、自治區(qū)高級(jí)人民法院批準(zhǔn)或決定，審理期限可延長(zhǎng)一個(gè)月。適用普通程序?qū)徖淼谋桓嫒肆b押的自訴案件的審理期限、延長(zhǎng)審理期限的理由、批準(zhǔn)或決定延長(zhǎng)審理期限的機(jī)關(guān)及可延長(zhǎng)的期限和公訴案件一致；但適用普通程序?qū)徖肀桓嫒宋幢涣b押的自訴案件，應(yīng)當(dāng)在立案后六個(gè)月內(nèi)宣判，有特殊情況需要延長(zhǎng)審理期限的，由本院院長(zhǎng)批準(zhǔn)，可以延長(zhǎng)三個(gè)月。

人民法院對(duì)公益訴訟進(jìn)行審判時(shí)，可以判決確認(rèn)違法或者確認(rèn)無(wú)效，并同時(shí)判決責(zé)令行政機(jī)關(guān)采取補(bǔ)救措施。在行政公益訴訟審理過(guò)程中，被告糾正違法行為或者依法履行職責(zé)而使人民檢察院的訴訟請(qǐng)求全部實(shí)現(xiàn)的，人民檢察院可以變更訴訟請(qǐng)求，請(qǐng)求判決確認(rèn)行政行為違法，或者撤回起訴。