區(qū)別在于權利歸屬不同：土地所有權，歸屬集體；承包權，歸屬農戶；經營權，歸屬經營者。 1、首先，關于土地的所有權是由我國國家性質所決定的。我國憲法明確規(guī)定“農村和城市郊區(qū)的土地，除由法律規(guī)定屬于國家所有的以外，屬于集體所有；宅基地和自留地、自留山，也屬于集體所有”。因此，農村土地集體所有權的根本地位堅持不變。 2、其次，土地承包經營權屬于用益物權。在權利內容上，多數觀點認為，土地承包經營權系承包權與經營權的雙重屬性混合。其中，承包權屬于成員權，只有集體成員才有資格擁有，具有身份依附性和不可對外轉讓性；經營權屬于財產權，在權利屬性上具有可交易性。 3、由此，在“兩權分置”下，土地所有權和土地承包經營權其實并不具備自由流轉的物權屬性。但“三權分置”體制實現了集體、承包農戶、新型經營主體對土地權利的共享，從法律制度的角度看，其本質就是確定在不改變土地公有制的基本經濟制度前提下，在土地上分離出一個更加符合市場交易要求的私權——土地經營權。

根據有關法律法規(guī)的規(guī)定，當事人取得土地承包經營權證書的方式主要有頒發(fā)、補發(fā)（換發(fā)）兩種。 一、 頒發(fā)的方式，是指縣級以上地方人民政府應當向承包方頒發(fā)土地承包經營權證或者林權證等證書，并登記造冊，確認土地承包經營權。其中，實行家庭承包經營的承包方，由縣級以上地方人民政府頒發(fā)農村土地承包經營權證。實行其它方式承包經營的承包方，經依法登記，由縣級以上地方人民政府頒發(fā)農村土地承包經營權證?？h級以上地方人民政府農業(yè)行政主管部門負責農村土地承包經營權證的備案、登記、發(fā)放等具體工作。 1、實行家庭承包的，按下列程序頒發(fā)農村土地承包經營權證： (1)土地承包合同生效后，發(fā)包方應在30個工作日內，將土地承包方案、承包方及承包土地的詳細情況、土地承包合同等材料一式兩份報鄉(xiāng)(鎮(zhèn))人民政府農村經營管理部門。 (2)鄉(xiāng)(鎮(zhèn))人民政府農村經營管理部門對發(fā)包方報送的材料予以初審。材料符合規(guī)定的，及時登記造冊，由鄉(xiāng)(鎮(zhèn))人民政府向縣級以上地方人民政府提出頒發(fā)農村土地承包經營權證的書面申請;材料不符合規(guī)定的，應在15個工作日內補正。 (3)縣級以上地方人民政府農業(yè)行政主管部門對鄉(xiāng)(鎮(zhèn))人民政府報送的申請材料予以審核。申請材料符合規(guī)定的，編制農村土地承包經營權證登記簿，報同級人民政府頒發(fā)農村土地承包經營權證;申請材料不符合規(guī)定的，書面通知鄉(xiāng)(鎮(zhèn))人民政府補正。實行招標、拍賣、公開協(xié)商等方式承包農村土地的，按下列程序辦理農村土地承包經營權證： (1)土地承包合同生效后，承包方填寫農村土地承包經營權證登記申請書，報承包土地所在鄉(xiāng)(鎮(zhèn))人民政府農村經營管理部門。 (2)鄉(xiāng)(鎮(zhèn))人民政府農村經營管理部門對發(fā)包方和承包方的資格、發(fā)包程序、承包期限、承包地用途等予以初審，并在農村土地承包經營權證登記申請書上簽署初審意見。 (3)承包方持鄉(xiāng)(鎮(zhèn))人民政府初審通過的農村土地承包經營權登記申請書，向縣級以上地方人民政府申請農村土地承包經營權證登記。 (4)縣級以上地方人民政府農業(yè)行政主管部門對登記申請予以審核。申請材料符合規(guī)定的，編制農村土地承包經營權證登記簿，報請同級人民政府頒發(fā)農村土地承包經營權證;申請材料不符合規(guī)定的，書面通知申請人補正。 應在30個工作日內將農村土地承包經營權證發(fā)給承包方。 二、補發(fā)和換發(fā)方式是指農村土地承包經營權證嚴重污損、毀壞、遺失的，經承包方申請，原發(fā)證機關給予補發(fā)和換發(fā)農村土地承包經營權證。農村土地承包經營權證出現嚴重污損、毀壞、遺失等情形的，承包方應向鄉(xiāng)(鎮(zhèn))人民政府農村經營管理部門申請換發(fā)、補發(fā)。經鄉(xiāng)(鎮(zhèn))人民政府農村經營管理部門審核后，報請原發(fā)證機關辦理換發(fā)、補發(fā)手續(xù)。原發(fā)證機關發(fā)放新的農村土地承包經營權證，并在農村土地承包經營權證上注明“換發(fā)”、“補發(fā)”字樣。