1、經(jīng)營目標不同營利性醫(yī)療機構(gòu)運行的目標是追求利潤最大化;非營利性醫(yī)療機構(gòu)運行目標是為特定社會目標，不以賺錢為目的。 2、分配方式不同營利性醫(yī)療機構(gòu)盈利后，投資者對稅后利潤可以分紅，非營利性醫(yī)療機構(gòu)不以賺錢為目的，但為了擴大醫(yī)療規(guī)模，也可適當盈利，但這種盈利只能用于自身發(fā)展，不能分紅。 3、處置財產(chǎn)方式不同營利性醫(yī)療機構(gòu)經(jīng)營不善而終止服務(wù)，投資者個人可以自行處置其剩余財產(chǎn);而非營利性醫(yī)療機構(gòu)終止服務(wù)后，其剩余財產(chǎn)只能由社會管理部門或其他非營利性醫(yī)療機構(gòu)處置。 4、收支結(jié)余的用途不同營利性醫(yī)療機構(gòu)的收支結(jié)余是用于投資者回報。非營利性醫(yī)療機構(gòu)的收支、結(jié)余不能用于投資者回報，也不能為其職工變相分配，所有利潤和盈余只能投入到機構(gòu)的再發(fā)展中，用于購買設(shè)備，引進技術(shù)，開展新的服務(wù)項目或向公民提供低成本的醫(yī)療衛(wèi)生服務(wù)。 5、是否享受財產(chǎn)補貼政府辦的縣及縣以上非營利性醫(yī)療機構(gòu)，以定向補助為主，由同級財政安排。營利性醫(yī)療機構(gòu)沒有任何財政補助。 6、價格標準不同營利性醫(yī)療機構(gòu)提供的醫(yī)療服務(wù)實行市場調(diào)節(jié)價，醫(yī)療機構(gòu)根據(jù)實際服務(wù)成本或市場供求情況自主制訂價格，非營利性醫(yī)療機構(gòu)提供的醫(yī)療服務(wù)實行政府指導(dǎo)價，醫(yī)療機構(gòu)按照主管部門制訂的基準價，并在其浮動范圍內(nèi)，確定其本單位實際醫(yī)療服務(wù)價格。非營利性醫(yī)療機構(gòu)的稅收政策根據(jù)財政部、國家稅務(wù)總局《關(guān)于醫(yī)療、衛(wèi)生機構(gòu)有關(guān)稅收政策的通知》(財稅42號)，對營利性醫(yī)療機構(gòu)有關(guān)政策是：該機構(gòu)取得的收入應(yīng)按規(guī)定征收各種稅收。為了支持營利性醫(yī)療機構(gòu)自身的發(fā)展，對營利性醫(yī)療機構(gòu)取得的收入，直接用于改善醫(yī)療衛(wèi)生條件的，可自取得執(zhí)業(yè)登記之日起，三年內(nèi)給予以下優(yōu)惠政策：對其取得的醫(yī)療收入免征營業(yè)稅;對其自用的房產(chǎn)土地、車船，免征房產(chǎn)稅、城鎮(zhèn)土地使用稅、車船使用稅。對非營利性醫(yī)療機構(gòu)的政策是： (1)按照國家規(guī)定取得的醫(yī)療收入免征各種稅收，不按照國家規(guī)定價格取得的收入，不得享受這項政策。 (2)從事非醫(yī)療服務(wù)取得的收入，應(yīng)按照規(guī)定征收各種稅收。 (3)非營利性醫(yī)療機構(gòu)將取得的醫(yī)療服務(wù)收入，直接用于改善醫(yī)療條件的部分，經(jīng)稅務(wù)部門批準，可抵扣其應(yīng)納稅所得額，就其余額征收企業(yè)所得稅; (4)對非營利性醫(yī)療機構(gòu)自用的房產(chǎn)、土地、車船免征房產(chǎn)稅、城鎮(zhèn)土地使用稅、車船使用稅。