一、建筑企業(yè)總機(jī)構(gòu)直接管理的跨地區(qū)設(shè)立的項(xiàng)目部，應(yīng)按項(xiàng)目實(shí)際經(jīng)營收入的0.2%按月或按季由總機(jī)構(gòu)向項(xiàng)目所在地預(yù)分企業(yè)所得稅，并由項(xiàng)目部向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)預(yù)繳。以上跨地區(qū)設(shè)立的項(xiàng)目部，僅指建筑企業(yè)跨省、自治區(qū)、直轄市和計(jì)劃單列市設(shè)立的不具有二級分支機(jī)構(gòu)條件的項(xiàng)目部，且也不屬于二級或二級以下分支機(jī)構(gòu)直接管理的項(xiàng)目經(jīng)理部（包括與項(xiàng)目經(jīng)理部性質(zhì)相同的工程指揮部、合同段等）。建筑企業(yè)跨區(qū)施工不構(gòu)成分支機(jī)構(gòu)，盡管由總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一匯算清繳，但要在項(xiàng)目所在地應(yīng)預(yù)繳企業(yè)所得稅，繳納方式可以按照項(xiàng)目實(shí)際經(jīng)營收入的0.2%按月或按季由總機(jī)構(gòu)向項(xiàng)目所在地預(yù)分企業(yè)所得稅，并由項(xiàng)目部向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)預(yù)繳。這一條很重要，項(xiàng)目所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)按照項(xiàng)目實(shí)際經(jīng)營收入的比率預(yù)征企業(yè)所得稅，這一部分稅款將會減少總機(jī)構(gòu)所在地實(shí)際的預(yù)繳稅款。例如，貴公司2010年5月累計(jì)收入總額1000萬元，其中設(shè)在A省項(xiàng)目部收入累計(jì)700萬元，1-5月累計(jì)利潤總額100萬元，則在A省項(xiàng)目部所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)需要預(yù)繳企業(yè)所得稅700×0.2%=1.4萬元。在貴公司總機(jī)構(gòu)所在地預(yù)繳企業(yè)所得稅100×25%-1.4=23.6萬元。二、建筑企業(yè)總機(jī)構(gòu)在年度內(nèi)匯總計(jì)算預(yù)繳企業(yè)應(yīng)納所得稅，按照如下方式計(jì)算：（一）總機(jī)構(gòu)只設(shè)跨地區(qū)項(xiàng)目部的，扣除已由項(xiàng)目部預(yù)繳的企業(yè)所得稅后，按照其余額就地繳納；此種情況如前例所示。（二）總機(jī)構(gòu)只設(shè)二級分支機(jī)構(gòu)的，按照國稅發(fā)[2008]28號《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法》第十九條“總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)應(yīng)分期預(yù)繳的企業(yè)所得稅，50%在各分支機(jī)構(gòu)間分?jǐn)傤A(yù)繳，50%由總機(jī)構(gòu)預(yù)繳?？倷C(jī)構(gòu)預(yù)繳的部分，其中25%就地入庫，25%預(yù)繳入中央國庫，按照財預(yù)[2008]10號文件的有關(guān)規(guī)定進(jìn)行分配?！币?guī)定計(jì)算總、分支機(jī)構(gòu)應(yīng)繳納的稅款。需注意的是二級分支機(jī)構(gòu)包括二級或二級以下分支機(jī)構(gòu)直接管理的項(xiàng)目經(jīng)理部（包括與項(xiàng)目經(jīng)理部性質(zhì)相同的工程指揮部、合同段等）。例如貴公司在甲省設(shè)立有分公司A，分公司A在甲省乙市設(shè)立有項(xiàng)目部B，則項(xiàng)目部B經(jīng)營業(yè)務(wù)收入當(dāng)先匯總至二級分支機(jī)構(gòu)分公司A收入中，再按照國稅發(fā)[2008]28號規(guī)定辦法計(jì)算。（三）總機(jī)構(gòu)既有直接管理的跨地區(qū)項(xiàng)目部，又有跨地區(qū)二級分支機(jī)構(gòu)的，先扣除已由項(xiàng)目部預(yù)繳的企業(yè)所得稅后，再按照國稅發(fā)[2008]28號文件規(guī)定計(jì)算總、分支機(jī)構(gòu)應(yīng)繳納的稅款。該條計(jì)算辦法匯總了前述兩種情況，例如：貴公司在甲省設(shè)立有分公司A，在乙省設(shè)立項(xiàng)目部B，貴公司2010年5月累計(jì)收入總額1000萬元，其中乙省項(xiàng)目部B收入累計(jì)700萬元，1-5月累計(jì)利潤總額100萬元，則在乙省項(xiàng)目部所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)需要預(yù)繳企業(yè)所得稅700×0.2%=1.4萬元。累計(jì)尚需預(yù)繳企業(yè)所得稅100×25%-1.4=23.6萬元，這23.60萬元就需要按照“統(tǒng)一計(jì)算，分級管理，就地預(yù)繳，匯總清算，財政調(diào)庫”的原則進(jìn)行預(yù)繳分配計(jì)算，在甲省分公司A所在地預(yù)繳23.60*5%=11.80萬元，在總公司所在地預(yù)繳11.80萬元。三、建筑企業(yè)總機(jī)構(gòu)應(yīng)按照有關(guān)規(guī)定辦理企業(yè)所得稅年度匯算清繳，各分支機(jī)構(gòu)和項(xiàng)目部不進(jìn)行匯算清繳。總機(jī)構(gòu)年終匯算清繳后應(yīng)納所得稅額小于已預(yù)繳的稅款時，由總機(jī)構(gòu)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理退稅或抵扣以后年度的應(yīng)繳企業(yè)所得稅。延用上例，2010年度匯算清繳在總機(jī)構(gòu)進(jìn)行，當(dāng)年度虧損100萬元，在總機(jī)構(gòu)所在地預(yù)繳稅款20萬元，在分公司所在地預(yù)繳稅款10萬元，乙省項(xiàng)目部預(yù)繳稅款5萬元，應(yīng)當(dāng)退稅35萬元，這35萬元就只能向總機(jī)構(gòu)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理退稅或辦理抵扣手續(xù)了。四、跨地區(qū)經(jīng)營的項(xiàng)目部（包括二級以下分支機(jī)構(gòu)管理的項(xiàng)目部）應(yīng)向項(xiàng)目所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)出具總機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)開具的《外出經(jīng)營活動稅收管理證明》，未提供上述證明的，項(xiàng)目部所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)督促其限期補(bǔ)辦；不能提供上述證明的，應(yīng)作為獨(dú)立納稅人就地繳納企業(yè)所得稅。同時，項(xiàng)目部應(yīng)向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)提供總機(jī)構(gòu)出具的證明該項(xiàng)目部屬于總機(jī)構(gòu)或二級分支機(jī)構(gòu)管理的證明文件。建筑領(lǐng)域普遍存在掛靠施工，一般都是以有資質(zhì)單位總公司或分公司名義進(jìn)行施工。根據(jù)《中華人民共和國營業(yè)稅暫行條例實(shí)施細(xì)則》第十一條“單位以承包、承租、掛靠方式經(jīng)營的，承包人、承租人、掛靠人（以下統(tǒng)稱承包人）發(fā)生應(yīng)稅行為，承包人以發(fā)包人、出租人、被掛靠人（以下統(tǒng)稱發(fā)包人）名義對外經(jīng)營并由發(fā)包人承擔(dān)相關(guān)法律責(zé)任的，以發(fā)包人為納稅人；否則以承包人為納稅人”。掛靠單位以有資質(zhì)單位名義簽訂施工合同，一樣要以被掛靠單位名義向總機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申請開具《外出經(jīng)營活動稅收管理證明》，接受工程所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)管理。另外該條所要求的“項(xiàng)目部應(yīng)向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)提供總機(jī)構(gòu)出具的證明該項(xiàng)目部屬于總機(jī)構(gòu)或二級分支機(jī)構(gòu)管理的證明文件”對于掛靠單位就要引起重視，其中可能存在法律風(fēng)險。五、建筑企業(yè)總機(jī)構(gòu)在辦理企業(yè)所得稅預(yù)繳和匯算清繳時，應(yīng)附送其所直接管理的跨地區(qū)經(jīng)營項(xiàng)目部就地預(yù)繳稅款的完稅證明。直接管理的跨地區(qū)經(jīng)營項(xiàng)目部賬務(wù)核算應(yīng)當(dāng)與總機(jī)構(gòu)一致，既可以匯總核算，也可以按照項(xiàng)目核算，對于會計(jì)處理無影響，但要保存好跨地區(qū)經(jīng)營項(xiàng)目部就地預(yù)繳稅款的完稅證明，以備稅務(wù)機(jī)關(guān)核查。六、建筑企業(yè)在同一省、自治區(qū)、直轄市和計(jì)劃單列市設(shè)立的跨地（市、縣）項(xiàng)目部，其企業(yè)所得稅的征收管理辦法，由各省、自治區(qū)、直轄市和計(jì)劃單列市國家稅務(wù)局、地方稅務(wù)局共同制定，并報國家稅務(wù)總局備案。建筑施工企業(yè)所得稅的征管難題不僅存在于跨省施工，在本省跨市施工同樣存在稅源征收管理的問題，貴公司也要注意當(dāng)?shù)氐恼咭?guī)定。