運輸合同糾紛的管轄，首先看是否有合法有效的約定管轄的協(xié)議，如果有的話，則協(xié)議約定的法院有管轄權(quán);如果沒有約定，則根據(jù)法定管轄來確定管轄法院，即被告住所地法院肯定有管轄權(quán)。如果合同已經(jīng)履行的，則合同履行地法院有管轄權(quán)，如果合同未履行，雙方約定的合同履行地在合同任何一方住所地的，此約定的合同履行地法院有管轄權(quán)，否則合同履行地法院無管轄權(quán)。如果合同沒有實際履行，當(dāng)事人雙方住所地又都不在合同約定的履行地的，應(yīng)由被告住所地人民法院管轄。因鐵路、公路、水上、航空運輸和聯(lián)合運輸合同糾紛提起的訴訟，由運輸始發(fā)地、目的地或者被告住所地法院管轄。

運輸合同糾紛較一般合同糾紛復(fù)雜，它涉及到承運人是否正確履行合同、是否造成貨物毀損、是否按時運到，收貨人是否履行收貨義務(wù)等。從便利審判與訴訟以及存在實際聯(lián)系的角度出發(fā)，運輸合同糾紛由運輸始發(fā)地、目的地或被告住所地法院管轄是適宜的。目的地是指客、貨運輸?shù)淖罱K到達(dá)地。運輸合同可能是單一的運輸工具來完成，比如由路上運輸或者水上運輸或者空中運輸單獨完成，也有可能采取的是多種運輸工具聯(lián)合運輸，路上運輸還存在公路運輸和鐵路運輸之分。采用不同的運輸工具，就可能形成是由普通法院管轄還是由專門法院管轄的問題。實踐中處理這一問題的基本原則是： 1、如果是采用單一運輸工具，則按運輸工具不同來確定管轄法院，比如采用水運，則由海事法院管轄，采用鐵路運輸，則由鐵路運輸法院管轄; 2、如果是采取聯(lián)合運輸，根據(jù)具體情況，凡是與海事有關(guān)的，由海事法院管轄，與鐵路運輸有關(guān)的，由鐵路運輸法院管轄; 3、在聯(lián)合運輸中，如果同時存在水運和鐵路運輸?shù)?，如何確定管轄法院，法律并未作出具體規(guī)定，在這處情況下，可以由當(dāng)事人選擇法院管轄。