1、參保對象不同：農(nóng)村合作醫(yī)療保險的參保對象是農(nóng)村戶口居民，社保參保對象為在職職工或城鎮(zhèn)居民 2、保障期限不同：農(nóng)村合作醫(yī)療保險是交一年保一年，社保中的醫(yī)療險是要求持續(xù)繳納最少15年才可以享受終身醫(yī)保待遇 3、報銷比例不同：農(nóng)村合作醫(yī)療保險報銷比例較低，而社保中的醫(yī)療保險報銷比例較高 4、有無個人醫(yī)保賬戶：農(nóng)村合作醫(yī)療保險是沒有個人醫(yī)保賬戶的，社保中的醫(yī)療保險有個人醫(yī)保賬戶。

五險里面的醫(yī)療保險和農(nóng)村合作醫(yī)療區(qū)別： 1、包含險種不同，新農(nóng)村合作醫(yī)療是由國家政策牽頭，并由當?shù)氐恼M織、引導的一種醫(yī)療保障體系，一般農(nóng)民多為自愿加入，不管是小病還是大病都有相應(yīng)的醫(yī)療互助互惠保障。而資金一般由政府補貼、村集體扶持、個人聯(lián)合繳費的形式，以建立最基本的社會保障形式。五險是由用人單位給予勞動者的幾種保障性待遇的合稱，包括養(yǎng)老保險、醫(yī)療保險、失業(yè)保險、工傷保險、生育保險，一般指為沒有勞動能力和沒有勞動崗位的人提供社會性的一種福利保障制度。 2、覆蓋范圍不同，新農(nóng)村合作醫(yī)療是在農(nóng)村必須是農(nóng)村戶口才能參加，當年繳費，次年需再交錢才可以享受新農(nóng)村合作聊。五險是覆蓋所有單位和職工的，參保人在完成交費年限后便可以終身獲得享受。 3、保障力度不同，新農(nóng)村合作醫(yī)療基金由于是多方籌資的關(guān)系，所以在保障力度上還稍稍欠缺了點。五險實行“低水平、廣覆蓋”的特點，因此一經(jīng)參保，標準都是統(tǒng)一享受的。