分公司注銷在公司登記機(jī)關(guān)備案。公司登記機(jī)關(guān)即分公司住所地所在的工商行政管理機(jī)關(guān)。 根據(jù)《公司登記管理?xiàng)l例》第四條規(guī)定，工商行政管理機(jī)關(guān)是公司登記機(jī)關(guān)。下級公司登記機(jī)關(guān)在上級公司登記機(jī)關(guān)的領(lǐng)導(dǎo)下開展公司登記工作。 第四十九條規(guī)定，分公司被公司撤銷、依法責(zé)令關(guān)閉、吊銷營業(yè)執(zhí)照的，公司應(yīng)當(dāng)自決定作出之日起30日內(nèi)向該分公司的公司登記機(jī)關(guān)申請注銷登記。申請注銷登記應(yīng)當(dāng)提交公司法定代表人簽署的注銷登記申請書和分公司的《營業(yè)執(zhí)照》。公司登記機(jī)關(guān)準(zhǔn)予注銷登記后，應(yīng)當(dāng)收繳分公司的《營業(yè)執(zhí)照》。

公司注銷的程序是： 一、清算：公司到登記機(jī)關(guān)辦理公司注銷程序之前一定要依法進(jìn)行公司清算，包括終止生產(chǎn)經(jīng)營銷售活動、了結(jié)公司事務(wù)、了結(jié)民事訴訟、清理債權(quán)和債務(wù)和分配剩余財(cái)產(chǎn)等。 二、注銷登記申請：公司清算完成后便可進(jìn)入公司注銷申請程序，清算后、注銷前公司需要出具和準(zhǔn)備如下報(bào)告： 1、公司清算組負(fù)責(zé)人或公司法定代表人簽署的《公司注銷登記申請書》； 2、清算組成員《備案確認(rèn)申請書》； 3、法院破產(chǎn)裁定、行政機(jī)關(guān)責(zé)令關(guān)閉的文件或公司依照《公司法》作出的決議； 4、股東會或者有關(guān)機(jī)關(guān)確認(rèn)的清算報(bào)告； 5、刊登注銷公告的報(bào)紙報(bào)樣； 6、法律、行政法規(guī)規(guī)定應(yīng)當(dāng)提交的其他文件。