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股權(quán)轉(zhuǎn)讓是企業(yè)轉(zhuǎn)讓其股權(quán)的行為，其結(jié)果是從股權(quán)轉(zhuǎn)讓中獲得收益（或損失）。根據(jù)有關(guān)規(guī)定，企業(yè)股權(quán)轉(zhuǎn)讓收入屬于財產(chǎn)轉(zhuǎn)讓收入，股權(quán)轉(zhuǎn)讓收入扣除取得股權(quán)成本后的余額為股權(quán)轉(zhuǎn)讓收入。在確認股權(quán)轉(zhuǎn)讓收益的過程中，筆者認為需要重點解決以下三個問題：一、允許扣除的股權(quán)成本是企業(yè)實際支付的投資額。對此，《企業(yè)所得稅法實施條例》明確，企業(yè)所有資產(chǎn)，包括固定資產(chǎn)、生物資產(chǎn)、無形資產(chǎn)、長期待攤費用、投資性資產(chǎn)、存貨等，均按歷史成本計稅。前款所稱歷史成本，是指企業(yè)取得資產(chǎn)時實際發(fā)生的支出。企業(yè)在持有資產(chǎn)期間增加或者減少資產(chǎn)價值，不得調(diào)整資產(chǎn)的計稅基礎(chǔ)，但按照國務(wù)院財政、稅務(wù)機關(guān)的規(guī)定可以確認損益的除外。同時，《關(guān)于加強非居民企業(yè)股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得企業(yè)所得稅管理的通知》（國稅函[2009]698號）規(guī)定，股權(quán)成本價是指股權(quán)轉(zhuǎn)讓人投資股權(quán)時實際支付給中國居民企業(yè)的資本額，或者原轉(zhuǎn)讓人購買股權(quán)時實際支付給原轉(zhuǎn)讓人的股權(quán)轉(zhuǎn)讓金額。

需要注意的是，如果被投資企業(yè)的股權(quán)溢價發(fā)生在初始投資時并計入資本公積，則對于被投資企業(yè)的賬面記錄，投資成本包括“長期股權(quán)投資”和“股權(quán)溢價”，體現(xiàn)了資產(chǎn)評估的歷史成本原則。這從《關(guān)于實施企業(yè)所得稅法若干稅收問題的通知》（國稅函[2010]79號）中可以得到印證：被投資企業(yè)將股權(quán)溢價形成的資本公積轉(zhuǎn)增股本的，不作為投資者企業(yè)的股息紅利收入，投資者所在企業(yè)不得增加長期投資的稅基。由此可見，股權(quán)溢價形成的資本公積是初始投資成本的一部分，在計算股權(quán)轉(zhuǎn)讓收益時也應(yīng)注意這一點。第二，股權(quán)轉(zhuǎn)讓收入不得扣除可在被投資企業(yè)留存收益中分配的金額。對于投資企業(yè)享有的被投資企業(yè)留存收益份額能否從轉(zhuǎn)讓所得中扣除，原《內(nèi)外資企業(yè)所得稅法》有不同規(guī)定。2008年新《企業(yè)所得稅法》頒布后，國家稅務(wù)總局終于統(tǒng)一了這一問題的口徑，并在國稅函[2010]79號文件中明確，即在計算股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得時，企業(yè)不得從被投資企業(yè)未分配利潤等股東留存收益中扣除按權(quán)益可分配的金額。也就是說，在股權(quán)轉(zhuǎn)讓中，未經(jīng)實際分配的留存收益不能作為免稅收入扣除。這一結(jié)論也與國稅函[2009]698號文的論點一致，即企業(yè)存在未分配利潤或稅后存放資金的，股權(quán)轉(zhuǎn)讓人將留存收益連同股權(quán)一并轉(zhuǎn)讓的金額，不從股權(quán)轉(zhuǎn)讓價款中扣除。

例如，a公司持有M公司100%股權(quán)，初始投資成本100萬元，M公司留存收益（含未分配利潤和盈余公積）150萬元。2010年，a公司以300萬元的價格將M公司100%股權(quán)轉(zhuǎn)讓給B公司，股權(quán)轉(zhuǎn)讓收益為300-100萬元=200萬元。