醫(yī)療機(jī)構(gòu)發(fā)生醫(yī)療事故處罰如下：根據(jù)相關(guān)法律規(guī)定，醫(yī)療機(jī)構(gòu)發(fā)生醫(yī)療事故的，衛(wèi)生行政部門應(yīng)根據(jù)醫(yī)療事故的等級(jí)和情節(jié)給予警告，情節(jié)嚴(yán)重的，責(zé)令限期停業(yè)整頓，直至原發(fā)證部門吊銷執(zhí)業(yè)許可證，對(duì)負(fù)責(zé)任的醫(yī)務(wù)人員追究刑事責(zé)任，刑事處罰不夠的，依法給予行政處分或紀(jì)律處分。除按以上處罰外，衛(wèi)生行政部門還可責(zé)令暫停６個(gè)月以上１年以下的執(zhí)業(yè)活動(dòng)，情節(jié)嚴(yán)重的，吊銷執(zhí)業(yè)證書。

發(fā)生了醫(yī)療事故之后可以按照以下程序處理： 1、和解：發(fā)生醫(yī)療糾紛后，患方和院方可本著平等自愿的原則，在充分協(xié)商的基礎(chǔ)上達(dá)成和解協(xié)議； 2、調(diào)解：可以通過衛(wèi)生行政部門，進(jìn)行醫(yī)療事故賠償調(diào)解； 3、訴訟：在訴訟之前，當(dāng)事人可以進(jìn)行醫(yī)療事故鑒定或者醫(yī)療過錯(cuò)鑒定。 根據(jù)《醫(yī)療事故處理?xiàng)l例》第四十條的規(guī)定，當(dāng)事人既向衛(wèi)生行政部門提出醫(yī)療事故爭議處理申請(qǐng)，又向人民法院提起訴訟的，衛(wèi)生行政部門不予受理；衛(wèi)生行政部門已經(jīng)受理的，應(yīng)當(dāng)終止處理。以上是對(duì)這個(gè)問題的解答。