因化肥、農(nóng)藥不合理使用造成的土壤污染，使有害物質(zhì)在農(nóng)產(chǎn)品中積累，并通過食物鏈進入人體，危害人體健康。土壤污染還直接影響土壤生態(tài)系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)和功能，使生物種群結(jié)構(gòu)發(fā)生改變，生物多樣性減少，土壤生產(chǎn)力下降，最終將對國家生態(tài)安全構(gòu)成威脅?！斗ā返谒氖艞l規(guī)定，各級人民政府及其農(nóng)業(yè)等有關(guān)部門和機構(gòu)，應(yīng)當指導(dǎo)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營者科學(xué)種植和養(yǎng)殖，科學(xué)合理施用農(nóng)藥、化肥等農(nóng)業(yè)投入品，科學(xué)處置農(nóng)用薄膜、農(nóng)作物秸稈等農(nóng)業(yè)廢棄物等方面的責(zé)任，防止農(nóng)業(yè)面源污染。禁止將不符合國家和地方農(nóng)用及環(huán)境保護標準的固體廢物和廢水施入農(nóng)田。施用農(nóng)藥、肥料等農(nóng)業(yè)投入品及進行灌溉，應(yīng)當采取措施，防止重金屬及其他有毒有害物質(zhì)污染環(huán)境。防止畜禽養(yǎng)殖污染，是污染防治工作的重要環(huán)節(jié)。這些糞便若不能得到及時有效的處理，將占用和污染農(nóng)田、污染水體、產(chǎn)生惡臭并造成生物污染。近年來，多地發(fā)生死豬隨便丟棄江河中，造成污染。另外，飼料中大量使用各類添加劑，造成有機肥中含有較多的污染物質(zhì)（如重金屬、抗生素以及動物生長激素等），畜禽養(yǎng)殖的廢棄物如果得不到治理，最終也引起水污染和土壤污染。根據(jù)《環(huán)境保護法》第四十九條規(guī)定，畜禽養(yǎng)殖場、養(yǎng)殖小區(qū)、定點屠宰企業(yè)等的選址、建設(shè)和管理，應(yīng)當符合有關(guān)法律法規(guī)規(guī)定；從事畜禽楊志和屠宰的單位和個人，應(yīng)當采取措施，對畜禽糞便、尸體、污水等廢棄物進行科學(xué)處置，防止污染環(huán)境。2014年1月1日起施行的《畜禽規(guī)模養(yǎng)殖污染防治條例》，對畜禽養(yǎng)殖場、養(yǎng)殖小區(qū)的養(yǎng)殖污染的預(yù)防、綜合利用與治理以及激勵措施等，作出了詳細規(guī)定。