法律、行政法規(guī)規(guī)定必須進(jìn)行的，或者未規(guī)定必須進(jìn)行招標(biāo)的建設(shè)工程，但依法經(jīng)過招標(biāo)投標(biāo)程序并進(jìn)行了備案，當(dāng)事人實(shí)際履行的與備案的中標(biāo)合同實(shí)質(zhì)性內(nèi)容不一致的，應(yīng)當(dāng)以備案的中標(biāo)合同作為結(jié)算工程價(jià)款的依據(jù)。法律、行政法規(guī)規(guī)定不是必須進(jìn)行招標(biāo)的建設(shè)工程，實(shí)際也未依法進(jìn)行招投標(biāo)，當(dāng)事人將簽訂的建設(shè)工程施工合同在當(dāng)?shù)亟ㄔO(shè)行政管理部門進(jìn)行了備案，備案的合同與實(shí)際履行的合同實(shí)質(zhì)性內(nèi)容不一致的，應(yīng)當(dāng)以當(dāng)事人實(shí)際履行的合同作為結(jié)算工程價(jià)款的依據(jù)。備案的中標(biāo)合同與當(dāng)事人實(shí)際履行的施工合同均因違反法律、行政法規(guī)的強(qiáng)制性規(guī)定被認(rèn)定為無效的，可以參照當(dāng)事人實(shí)際履行的合同結(jié)算工程價(jià)款。依據(jù)《最高人民法院關(guān)于審理建設(shè)工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》等法律法規(guī)，進(jìn)行工程款結(jié)算：1、該解釋第二條規(guī)定，當(dāng)建設(shè)工程施工合同無效，但建設(shè)工程經(jīng)竣工驗(yàn)收合格，承包人請(qǐng)求參照合同約定支付工程價(jià)款的，應(yīng)予支持。因此，當(dāng)黑白合同都被認(rèn)定為無效的，施工方已完工的建設(shè)工程經(jīng)驗(yàn)收質(zhì)量合格的，可以參照實(shí)際履行的合同約定支付工程價(jià)款。2、根據(jù)該解釋第三條規(guī)定，建設(shè)工程施工合同無效，且建設(shè)工程經(jīng)竣工驗(yàn)收不合格的，按照以下情形分別處理：（1）修復(fù)后建筑工程驗(yàn)收合格的，發(fā)包人應(yīng)該參照黑合同支付工程款，但可以要求施工方承擔(dān)修復(fù)費(fèi)用。（2）修復(fù)后建筑工程驗(yàn)收依然不合格的，發(fā)包人可以不支付工程款。需要注意的是，建筑工程驗(yàn)收不合格造成發(fā)包人損失的，施工方應(yīng)承擔(dān)相應(yīng)的賠償責(zé)任，但發(fā)包人有過錯(cuò)的，也要承擔(dān)相應(yīng)的責(zé)任，同時(shí)減輕施工方的責(zé)任。