1、法律界定的范圍不同。政府采購是涵蓋使用財政性資金的所有政府采購活動，包括貨物、服務(wù)和工程。其中服務(wù)項目的采購屬政府采購獨有，如會議定點、加油、修車、保險、印刷等。招投標(biāo)使用的是資金性質(zhì)不同，其范圍只有建設(shè)工程和相關(guān)貨物，不包含服務(wù)。 2、實施的主體不同。遵照《政府采購法》的規(guī)定，政府依法在每一個行政區(qū)劃單位成立一個政府采購中心管理政府內(nèi)部的采購事務(wù)，是一個純服務(wù)性機構(gòu)，承擔(dān)實施本級《政府采購集中采購目錄》內(nèi)的項目采購行政職能，其經(jīng)費列入財政預(yù)算，人員參照公務(wù)員管理。與招投標(biāo)機構(gòu)在性質(zhì)上完全不同。根據(jù)政府采購的特殊性，各省從實行政府采購制度一開始，就設(shè)立獨立的采購中心。對招投標(biāo)而言，國家有關(guān)部門批準(zhǔn)登記設(shè)立的各類建設(shè)工程招投標(biāo)機構(gòu)，其性質(zhì)屬于營利性企業(yè)，不是政府的內(nèi)設(shè)機構(gòu)，沒有行政職能。 3、組織形式有區(qū)別。政府采購是由財政部門、政府采購中心、采購人、評標(biāo)專家、供應(yīng)商、監(jiān)察、審計機關(guān)六方共同組織采購工作，實行“采”“管”分離，并接受紀(jì)檢部門的全程監(jiān)督，在程序、方式、人員等方面具有很強的規(guī)范性，從而更有利于實現(xiàn)“三公”原則和避免暗箱操作。而招投標(biāo)是由業(yè)主單位加招標(biāo)機構(gòu)和投標(biāo)企業(yè)有時甚至是兩方組織完成采購活動。 4、資金保障不同。政府采購實行嚴格的預(yù)算管理，并有堅實的政府采購資金作采購項目的保障，由國庫統(tǒng)一集中支付，減少了撥款環(huán)節(jié)，避免了資金流失占用和拖欠資金等弊端，維護了政府形象。而招投標(biāo)不具有上述特點。 5、服務(wù)結(jié)果不同。政府采購中心作為政府內(nèi)部的服務(wù)機構(gòu)不收取任何費用，全部免費服務(wù)，同時對政府采購資金的節(jié)余部分全部歸財政，充分體現(xiàn)了反腐倡廉目的，這是招投標(biāo)企業(yè)所無法做到的。

政府采購是實行財政統(tǒng)一管理，監(jiān)察、審計和行政主管部門分工監(jiān)督的體制。最高領(lǐng)導(dǎo)機關(guān)是財政部。工程招標(biāo)投標(biāo)是實行發(fā)改協(xié)調(diào)指導(dǎo)，各行業(yè)主管部門歸口監(jiān)督的體制，最高領(lǐng)導(dǎo)機關(guān)是發(fā)改委。