土地確權(quán)證發(fā)下來后的糾紛問題：如果侵犯到已經(jīng)確定的自然資源所有權(quán)或使用權(quán)的，可以協(xié)商解決，但應(yīng)當復(fù)議前置，不屬于侵犯到已經(jīng)確定的自然資源確權(quán)糾紛的，可以自治選擇糾紛解決機制。

建議雙方當事人先通過協(xié)商自行解決爭議，如果爭議各方達成一致意見則協(xié)商成功，如果協(xié)商不成或者協(xié)商達成了協(xié)議而另一方又反悔，不履行協(xié)議，他方可以依照本條的規(guī)定提請鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）人民政府等調(diào)解解決，人民政府收到爭議案件后，一般是對當事人先進行調(diào)解，調(diào)解不成的進行行政裁決。其中人民政府的調(diào)解是依據(jù)事實和法律對當事人進行調(diào)停，促使爭議各方當事人進行和解。如果調(diào)解不成或者當事人不愿意進行調(diào)解，人民政府則依法進行裁決。一般來講，具體工作由土地行政主管部門承辦，但作出處理決定須以人民政府的名義并出具處理決定書。該決定書須加蓋人民政府處理土地所有權(quán)和使用權(quán)爭議的專用章。當事人對有關(guān)人民政府的處理決定不服的，可以自接到處理決定通知之日起三十日內(nèi)，向人民法院起訴。 一般而言，村土地確權(quán)有糾紛時，政府有具體的處理流程為： （1）向縣級以上人民政府土地管理部門或者鄉(xiāng)級人民政府提出書面申請; （2）雙方當事人出示舉證的材料和依據(jù); （3）工作人員現(xiàn)場調(diào)查材料和取證; （4）組織雙方當事人進行調(diào)解，制作書面調(diào)解書; （5）調(diào)解未達成協(xié)議的，或者調(diào)節(jié)書送達前一方或者雙方反悔的，土地管理部門及時提出處理意見，報人民政府錯處處理決定。