1、在工程結(jié)算糾紛中，合同雙方應(yīng)當(dāng)按照當(dāng)時(shí)約定按照固定價(jià)結(jié)算工程價(jià)款； 2、約定對(duì)工程結(jié)算審查的期限； 3、發(fā)包方既不作驗(yàn)收，也不簽收結(jié)算文件，以提交驗(yàn)收?qǐng)?bào)告日為竣工日期；未經(jīng)驗(yàn)收擅自使用的，以轉(zhuǎn)移占有之日為竣工日期等等。

建設(shè)工程合同糾紛處理流程如下： 1、嚴(yán)格招投標(biāo)和承發(fā)包程序，優(yōu)選施工單位，嚴(yán)格控制工程分包和轉(zhuǎn)包。 2、建設(shè)前期加強(qiáng)立項(xiàng)管理，打足投資，保證歸口使用資金80%以上存入銀行，?？顚Ｓ?。 3、加強(qiáng)合同和信息管理，簽定協(xié)議盡量采用規(guī)范的合同示范文本，對(duì)附加條款要仔細(xì)推敲，咨詢有關(guān)專家，請(qǐng)專家給予指導(dǎo)。 4、嚴(yán)格進(jìn)行工程變更把關(guān)，嚴(yán)禁通過(guò)設(shè)計(jì)變更擴(kuò)大建設(shè)規(guī)模，增加工程內(nèi)容，提高建設(shè)標(biāo)準(zhǔn)，對(duì)必須變更的，應(yīng)先做工程量和造價(jià)增減分析。 5、加強(qiáng)隱蔽工程的檢查驗(yàn)收，完善隱蔽工程現(xiàn)場(chǎng)簽證手續(xù)。 6、及時(shí)解決工程中的索賠問(wèn)題。 7、結(jié)算時(shí)，力爭(zhēng)不漏算，不錯(cuò)套定額，不亂取費(fèi)，并委托具有資質(zhì)的造價(jià)咨詢機(jī)構(gòu)進(jìn)行結(jié)算、委托資深望重的造價(jià)工程師主持結(jié)算工作。 8、進(jìn)一步規(guī)范業(yè)主、承包商、政府行政管理部門的行為，不瞎指揮。