簽訂合同的補充協(xié)議時，應(yīng)當注意以下問題： 1、補充協(xié)議的當事人應(yīng)當與原合同當事人嚴格一致。 2、補充協(xié)議的形式應(yīng)當與原合同一樣完備。 3、嚴格防止與原合同發(fā)生內(nèi)容矛盾。 根據(jù)建設(shè)部的有關(guān)規(guī)定要求，施工合同要到建設(shè)部規(guī)定的主管部門進行備案，而補充協(xié)議作為施工合同的組成部分也應(yīng)該到相應(yīng)的主管部門備案。雖然建設(shè)部的規(guī)定要求并不屬于法律要求，但為了盡可能的保障合同的法律效力和雙方的合法權(quán)益，最好將施工合同補充協(xié)議也進行備案。 《招標投標法》第四十六條第一款規(guī)定，招標人和中標人應(yīng)當自中標通知書發(fā)出之日起三十日內(nèi)，按照招標文件和中標人的投標文件訂立書面合同。招標人和中標人不得再行訂立背離合同實質(zhì)性內(nèi)容的其他協(xié)議。 如果建設(shè)工程施工合同是通過招投標簽訂的，招標人和中標人不得再行訂立背離合同實質(zhì)性內(nèi)容的補充協(xié)議，否則是無效的。 1、因補充協(xié)議簽訂在后，且對施工合同約定進行了變更，雙方應(yīng)按補充協(xié)議約定的固定單價方式進行結(jié)算。開發(fā)公司雖稱補充協(xié)議系迫于政府部門、施工進度、工期、返遷等各種壓力簽訂，但并未否認此協(xié)議真實性，亦未主張撤銷，故補充協(xié)議對其仍有拘束力。 2、最高人民法院《關(guān)于審理建設(shè)工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第21條關(guān)于“當事人就同一建設(shè)工程另行訂立的建設(shè)工程施工合同與經(jīng)過備案的中標合同實質(zhì)性內(nèi)容不一致的，應(yīng)當以備案的中標合同作為結(jié)算工程價款的依據(jù)”之規(guī)定針對的是當事人在中標合同之外另行簽訂建設(shè)工程施工合同，以架空中標合同、規(guī)避中標行為和行政部門監(jiān)管情形，而補充協(xié)議是在雙方履行施工合同過程中，為解決因工程多次停工給建筑公司造成的損失而簽訂，只是變更了結(jié)算方式，施工合同其他工程質(zhì)量、工期、項目性質(zhì)等內(nèi)容并未涉及，雙方簽訂補充協(xié)議后，依然以施工合同為主要合同依據(jù)繼續(xù)履行，故從性質(zhì)上判斷，補充協(xié)議關(guān)于結(jié)算方式變更，實質(zhì)系對停工損失賠償約定，屬雙方當事人在合同履行過程中經(jīng)協(xié)商一致的合同變更，不屬前述司法解釋第21條規(guī)定的“黑白合同”情形。