公司克扣工資可以申請勞動仲裁。發(fā)生勞動爭議，當事人不愿協(xié)商、協(xié)商不成或者達成和解協(xié)議后不履行的，可以向調(diào)解組織申請調(diào)解;不愿調(diào)解、調(diào)解不成或者達成調(diào)解協(xié)議后不履行的，可以向勞動爭議仲裁委員會申請仲裁;對仲裁裁決不服的，除本法另有規(guī)定的外，可以向人民法院提起訴訟。

公司扣績效工資可以申請勞動仲裁。 因勞動報酬發(fā)生的爭議，可以申請勞動仲裁。 申請人申請仲裁應(yīng)當提交書面仲裁申請，并按照被申請人人數(shù)提交副本。 仲裁申請書應(yīng)當載明下列事項： （一）勞動者的姓名、性別、年齡、職業(yè)、工作單位和住所，用人單位的名稱、住所和法定代表人或者主要負責人的姓名、職務(wù)； （二）仲裁請求和所根據(jù)的事實、理由； （三）證據(jù)和證據(jù)來源、證人姓名和住所。 書寫仲裁申請確有困難的，可以口頭申請，由勞動爭議仲裁委員會記入筆錄，并告知對方當事人。 勞動爭議仲裁委員會收到仲裁申請之日起五日內(nèi)，認為符合受理條件的，應(yīng)當受理，并通知申請人；認為不符合受理條件的，應(yīng)當書面通知申請人不予受理，并說明理由。對勞動爭議仲裁委員會不予受理或者逾期未作出決定的，申請人可以就該勞動爭議事項向人民法院提起訴訟。 勞動爭議申請仲裁的時效期間為一年。仲裁時效期間從當事人知道或者應(yīng)當知道其權(quán)利被侵害之日起計算。 一年仲裁時效，因當事人一方向?qū)Ψ疆斒氯酥鲝垯?quán)利，或者向有關(guān)部門請求權(quán)利救濟，或者對方當事人同意履行義務(wù)而中斷。從中斷時起，仲裁時效期間重新計算。 因不可抗力或者有其他正當理由，當事人不能在一年仲裁時效期間申請仲裁的，仲裁時效中止。從中止時效的原因消除之日起，仲裁時效期間繼續(xù)計算。 勞動關(guān)系存續(xù)期間因拖欠勞動報酬發(fā)生爭議的，勞動者申請仲裁不受一年的仲裁時效期間的限制；但是，勞動關(guān)系終止的，應(yīng)當自勞動關(guān)系終止之日起一年內(nèi)提出。